Konfigurační data všech funkcí PET, kromě funkcí spojených s administrací přes WWW (viz. Administrace) , jsou uložena v textové podobě v jednom konfiguračním souboru. Tento soubor lze modifikovat buď pomocí běžného textového editoru nebo pomocí administračního modulu přes WWW ( viz. Administrace, viz. Konfigurace přes WWW).
Data jsou v souboru formátována: ``klíčové_slovo: hodnota''8 . Připouští se možnost opakování stejného klíčového slova ( viz. Jak pracuje konfigurace). Řádky začínající "#" se ignorují. Vzhledem k požadavkům ICP modulu, kterému nestačila tato jednoduchá forma dat, bylo zavedeno klíčové slovo "module:" , za kterým následuje název modulu, který je odpovědný za zpracování sekce, která začíná dalším řádkem a je ukončena direktivou "endmodule".
Jméno konfiguračního souboru je uvedeno jako parametr s kterým se PET spouští. Pokud není uveden žádný parametr, použije se soubor "pet.cfg" v aktuálním adresáři. Pokud se nepodaří z nějakého důvodu tento konfigurační soubor použít (neexistuje, obsahuje neplatné hodnoty ke klíčovým slovům) pokouší se konfigurace použít soubor stejného jména s příponou "_bak". Pokud ani u tohoto souboru neuspěje PET se nespustí. Testování záložního souboru s konfigurací je zde pro zvýšení robustnosti při konfiguraci přes WWW ( viz. Konfigurace přes WWW).